微波殺菌機是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應也是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖與生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應也是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響了細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變了細胞膜的通透性能，細菌因此也營養不良，不能夠正常新陳代謝，細胞的結構功能紊亂，生長發育也受到抑制而死亡。此外，微波殺菌機能夠使細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸RNA和脫氧核糖核酸DNA，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。

    微波殺菌機主要特點是：1、殺菌不需防腐，長期存放不霉變，營養不流失并保持原有的色、香、味。2、微波殺菌機比其它設備殺菌節約時間50%，比其它電設備節省電40%。3、沒有工業廢水，不污染環境，符合國家環保要求。4、微波還可對白酒催熟釀化，每催化一次減少窖存時間3-6個月。5、微波殺菌機體積小占地面積少，加工速度快，維修操作方便是當前理想的殺菌設備。

   微波殺菌機是頻率從300MHz～300GMHz的電磁波，其方向和大小隨時間作周期性變化。微波與物料直接作用，將超高頻電磁波轉化為熱能的過程即為微波加熱過程。水是強烈吸收微波的物質，物料中的水分子是極性分子，在微波作用下，微波殺菌機極性取向隨著外電磁場的變化而變化，915MHz的微波可使水分子每秒運動18.3億次，致使分子急劇磨擦、碰撞，使物料產生熱化和膨化等一系列過程而達到微波加熱目的

　微波殺菌機加熱與傳統的加熱方式不同，不需熱傳導過程，它是使被加熱物料本身成為加熱體，因此即使是熱傳導性較差的物料，也可以在極短的時間內達到加熱溫度。無論物體各部位形狀如何，微波殺菌機是使物料表里表里同時均勻滲透電磁波而產生熱能，不受物體形狀限制，所以加熱更均勻，不會出現外焦內生的現象。由于含有水份的物質極易吸收微波而發熱，因此，除少量的傳輸損耗外幾乎無其它損耗。微波殺菌機與遠紅外加熱相比，節約能源1/3以上。微波殺菌機加熱具有熱力效應和生物效應，因此，能在較低溫度下殺死霉菌和細菌；傳統加熱方式加熱時間較長，造成營養成分損失較大，而微波加熱迅速，能大限度地保存物料的活性和食品中的營養成份。

    只要控制微波功率即可實現加熱或終止。微波殺菌機應用PLC人機界面可進行加熱工藝過程規范的可編程自動化控制，它有完善的傳送系統，可確保連續化生產，節省勞力。